El Consejo Universitario es la máxima autoridad de la Universidad Autónoma del Estado de México (UAEMex). Sus resoluciones son vinculantes para todos los órganos y miembros de la comunidad universitaria y solo pueden ser modificadas o revocadas por el propio Consejo.
La creación y funcionamiento del Consejo Universitario están regulados por el Reglamento de Integración y Funcionamiento del Consejo Universitario de la UAEMex, aprobado en sesiones extraordinarias los días 8, 9, 10 y 22 de septiembre de 1980 y publicado en la Gaceta Universitaria, número 5.

Funciones
De acuerdo con el artículo 100 del Estatuto Universitario, el Consejo Universitario:
«Elegirá Rector para un período ordinario de cuatro años, llevando a cabo las fases de aprobación y publicación de las bases; inscripción, calificación y registro de aspirantes; jornadas de promoción y comparecencias institucionales; auscultaciones cualitativa y cuantitativa. Desahogadas las fases, procederá a realizar los actos de elección y declaración de Rector electo y toma de protesta».
Asimismo, las funciones del Consejo Universitario son las siguientes:
- Expedir y modificar el Estatuto Universitario, reglamentos y otras disposiciones necesarias para la organización y funcionamiento de la Universidad.
- Conocer, discutir y, en su caso, aprobar los instrumentos de planeación que determine el Estatuto Universitario y el sistema de planeación universitario.
- Aprobar, modificar o suprimir políticas, estrategias, planes y programas académicos.
- Establecer, transformar, fusionar o eliminar organismos académicos, centros universitarios, planteles de la Escuela Preparatoria y otros ámbitos similares de organización académica.
- Definir los requisitos para el otorgamiento de títulos, grados, reconocimientos y otros documentos académicos.
- Conocer y dictaminar el proyecto del presupuesto de ingresos y aprobar el presupuesto de egresos anual presentado por el rector.
- Aprobar la auditoría externa anual de la administración patrimonial y presupuestal de la Universidad.
- Vigilar la preservación y conservación del patrimonio universitario y cultural, aprobando la aplicación de los bienes.
- Resolver controversias entre los órganos de gobierno y académicos.
- Acordar los asuntos que el rector someta a su consideración.

Obligaciones
Las obligaciones de los miembros del Consejo Universitario están estipuladas en el artículo 111 del Estatuto Universitario:
- Cumplir y hacer cumplir la legislación universitaria.
- Participar con voz y voto en las sesiones del Consejo.
- Asistir puntualmente a las sesiones del Consejo, manteniendo compostura y respeto.
- Integrar y colaborar en las Comisiones designadas por el Consejo.
- Notificar con antelación la imposibilidad de asistir a una sesión y comunicar al suplente correspondiente.
- Presentar asuntos relevantes para el Consejo.
- Asegurar el cumplimiento exacto y oportuno de los acuerdos del Consejo.
- Informar a la comunidad representada sobre los acuerdos tomados.
- Cumplir con otras obligaciones establecidas por la legislación universitaria.
Integrantes
El Consejo Universitario está compuesto por 107 miembros, distribuidos de la siguiente manera:
- Rector
- Directores de Facultades
- Directores de Planteles de la Escuela Preparatoria
- Profesores de Facultades
- Profesores de Planteles de la Escuela Preparatoria
- Alumnos de Facultades
- Alumnos de los Planteles de la Escuela Preparatoria
- Representante de la Federación de Asociaciones Autónomas de Personal Académico de la UAEMex (FAAPAUAEM)
- Representante del Sindicato Único de Trabajadores y Empleados al Servicio de la UAEMex (SUTESUAEM)

Proceso de Elección
De acuerdo con el Reglamento de Integración y Funcionamiento del Consejo Universitario de la UAEMex, los artículos 6 al 8 establecen el siguiente procedimiento para las elecciones de los consejeros:
Si se realizan elecciones ordinarias se realizan dentro de los treinta días previos al fin del período reglamentario de un consejero.
- Convocatoria: La Comisión de Integración convoca a elecciones con al menos ocho días hábiles de anticipación, especificando el día, la hora y el lugar.
- Registro de candidatos: Los candidatos deben registrarse ante el director de la Facultad o Escuela al menos 72 horas antes de la elección.
- Supervisión de la elección: La Comisión de Integración supervisa el proceso y autoriza las cédulas de votación. Dos representantes de cada candidato pueden asistir a la supervisión.
- Elección de Consejeros Profesores: Se realiza en una junta general presidida por el Director de la Facultad o Escuela, quien tiene voto de calidad en caso de empate.
- Elección de Consejeros Alumnos: La votación sigue las listas oficiales y la convocatoria. En caso de empate, se repite al siguiente día hábil.
- Elección de Consejeros Trabajadores: Se eligen por los trabajadores o profesores pertenecientes a la Asociación Profesional Titular del Convenio o Condiciones Generales de Trabajo.
- Cómputo de votación: La Comisión de Integración, con la ayuda de dos escrutadores, realiza el conteo de votos.


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