La Comisión Nacional del Agua es la segunda institución más opaca en cuanto acceso a la información se refiere, ya que a la mayor parte de las solicitudes niega la existencia de información o la considera «clasificada».
En una entrevista que Juan Carlos Valencia Vargas, presidente del Consejo Consultivo de la Asociación Mexicana de Hidráulica, sección Morelos, sostuvo con Notimex, dijo que, “a un año de iniciada la administración, la Conagua manifiesta avances en la consolidación de la gestión ordenada y transparente del agua y en garantizar el derecho humano al agua, pero poco han cambiado las cosas”.
Sin embargo, debido a que año con año la Conagua recibe menos recursos, también disminuye su personal técnico. Por el recorte presupuestal, no tiene vehículos, ni viáticos y tampoco gasolina, lo cual disminuye su capacidad de vigilar y sancionar. Esto trae como consecuencia que la autoridad de la Conagua haya disminuido.
Valencia Vargas destacó además que la Comisión Nacional del Agua no ha instrumentado el sistema Conagu@ en Líne@, con el que se busca dar seguimiento en tiempo real a trámites y servicios para evitar fraudes y gestores, y monitorear los resolutivos y autorizaciones que emiten los funcionarios que manejan el sistema.
También mencionó que no se concretaron sanciones ejemplares a las empresas en cuyos contratos se detectaron irregularidades, como la que ejecutó la «K invertida», en la que lo más que se logró fue terminar el contrato anticipadamente; y la rescisión del contrato de construcción de la Tercera Línea de Conducción del Sistema Cutzamala, por la existencia de 10 convenios modificatorios de ampliación y reprogramación del plazo de ejecución, así como por no concluirse en tiempo el proyecto.
En ambos casos, las sanciones económicas fueron mínimas en comparación con los montos contratados y el tamaño de las afectaciones a la población.
Entre las fallas, Valencia Vargas destaca que sí hay un logro en la administración actual de la Conagua: haber hecho pública la base de datos del Sistema de Seguridad de Presas, con información de las 6 mil 221 represas del país, y la Red Nacional de Medición de Calidad del Agua (con más de ocho millones de datos a nivel nacional).